Como lo indica Isabella Iannuzzi, la idea de convocar las Cortes en Toledo tenía como primera meta reforzar el poder regio, todavía tambaleante por la oposición de ciudades y nobles. Sin embargo, la evolución de los acontecimientos, en particular la aplastante victoria de 1478-1479 contra el bando portugués cambiaron los términos de la situación política, permitiendo que las Cortes se transformasen en un acto de reforzamiento de la estructura burocrática monárquica en sentido centralizado.^[69] Al final, las sesiones abordaron varios temas (reconstrucción de la hacienda real, reforma de las instituciones, regulación de las relaciones entre Iglesia y Monarquía...), pero Talavera se volcó sobre todo en establecer las Declaratorias, revisión de todas las mercedes concedidas alegremente por Enrique IV, tarea que requería, no sólo una competencia excepcional, sino un sentido ético de vigor diamantino.^[70] En efecto, por las decisiones de Talavera, algunos de los más altos personajes de la Corte se veían privados de cuantiosas rentas que revertían al patrimonio real. No es preciso decir que las Declaratorias le valieron también a fray Hernando una temible coalición de enemigos personales que ya nunca dejaran de conspirar contra él.^[71] Lo cierto, sin embargo, es que en esta ocasión mostró su apoyo a los reyes y actuó en su nombre, como verdadero hombre de gobierno.

Antes de implicarse en los acuerdos de paz, Talavera permitió que los reyes continuaran la guerra contra las tropas portuguesas que apoyaban los intereses de Juana la Beltraneja, pues permitió que los monarcas utilizaran para ello la «plata de las iglesias» y animó al clero a que favoreciera esta empresa. Fue un respaldo importante para los reyes, ya que otras personalidades importantes del clero español como, por ejemplo, el arzobispo Carrillo, se oponían a esta recaudación de fondos. Es importante subrayar que se trataba de un préstamo, y que el mismo Talavera se encargó de que el dinero prestado fuera devuelto a las diócesis concernidas.^[72] Fue, pues, el indispensable nexo que permitió la colaboración entre la Monarquía y la Iglesia.

Una vez terminado el conflicto, como hombre de confianza de los reyes, fue encargado de comprobar la aplicación del tratado de las tercerías de Moura entre los Reyes Católicos y la corona portuguesa. Entre otras cosas, este tratado (1479) establecía que Juana tenía que quedar bajo la custodia de la infanta doña Beatriz, para luego elegir entre casarse con el heredero de la Corona de España o ingresar en una casa religiosa. También establecía que la infanta Isabel de Castilla, primogénita de Isabel y Fernando, tendría que casarse con el heredero portugués. Luego, en 1480, fue mandado como embajador a Portugal para certificar la profesión de Juana en el monasterio de clarisas de Coimbra, y también tuvo que gestionar las consecuencias de la rebeldía de la princesa, que se negaba en aceptar la suerte que le habían reservado^[73].

Tanto como confesor como en su papel de consejero, Talavera se mostró fiel a la Corona y preocupado por los intereses de los monarcas. Fue, también, esta preocupación la que guio su actuación en todas las etapas preliminarias a la expedición colombina. En un artículo titulado Fray Hernando de Talavera y Colón, Miguel Molina Martínez^[74] intenta examinar con objetividad la verdadera responsabilidad de fray Hernando de Talavera en las tergiversaciones que precedieron precedieron la salida de Cristóbal Colón. En efecto, varios historiadores, siguiendo el relato de Hernando Colón, tendieron a dar demasiada importancia a la opinión de Talavera en el rechazo inicial del proyecto colombino por parte de la Corona. Sin embargo, resulta difícil conocer la opinión personal de Talavera al respecto, aunque lo que parece cierto es que actuó de forma rigurosa y cuerda, cumpliendo la misión que le habían confiado. Actuó, primero, como intermediario, pues fue el primero en informar a los reyes de la presencia de Colón y de sus proyectos. Sin embargo, estaban entonces más preocupados por la Guerra de Granada, y, por lo tanto, confiaron su decisión al Consejo. Los consejeros rechazaron el proyecto, con lo cual se creó una Junta, con letrados y expertos en cosmografía y navegación, presidida por Hernando de Talavera^[75]. Ahora bien, dicha comisión consideró inviable el proyecto colombino. Del mismo modo, una nueva Junta, organizada en 1491 en Santa Fe y presidida, otra vez, por Talavera, emitió una opinión desfavorable. Sin embargo, parece que, en los dos casos, el entonces obispo de Ávila no hizo más que respetar las opiniones de los expertos presentes en las comisiones, sin influir personalmente en sus decisiones. Así, opina Miguel Molina Martínez que:

Fue imparcial y nunca tomó partido. Como presidente de los debates de Salamanca y Córdoba, no tuvo más opción que comunicar a los reyes lo que unánimemente en ellos se concluyó: que la empresa era impracticable por carecer de fundamentos sólidos.^[76]

La victoria final de Colón, sin embargo, se debió a que, a lo largo de su estancia en la Corte, éste había conseguido encontrar apoyos cada vez más numerosos, entre los cuales fray Diego de Deza. A él y a Hernando de Talavera confió el rey Fernando el nuevo examen del proyecto colombino, y acabaron encontrando un acuerdo^[77]. Más allá de la propia opinión del jerónimo, lo interesante aquí es el hecho de que los monarcas no podían prescindir de su opinión para cualquier asunto de importancia. Prueba de ello es también su implicación en todo lo que concierne a la Guerra de Granada, a la que, además, Talavera dedicaba personalmente especial importancia.

No cabe duda de que Hernando de Talavera siempre estuvo a favor de la conquista del reino de Granada y, de hecho, desde las primeras gestiones financieras hasta todas las actividades que deplegó como arzobispo de la ciudad, este asunto ocupó buena parte de su existencia. Su preocupación por el tema empezó mucho antes de 1492, pues formó parte de los hombres de confianza sobre los cuales recayó la tarea de preparar la operación desde el punto de vista financiero. Así, según Miguel Ángel Ladero Quesada

Fray Hernando de Talavera fue el mayor administrador de recursos financieros para la conquista de Granada, puesto que coordinó las campañas de predicación de la bula de cruzada y el cobro de los subsidios eclesiásticos y tuvo el alto control contable de todas las operaciones.^[78]

Ya hemos mencionado, además, que las bulas de cruzada fueron impresas en el mismo Monasterio de Nuestra Señora de Prado a partir de 1482, cuando Talavera todavía era prior.

Pero no se contentó con predicar o recaudar fondos, sino que acompañó a la reina durante el transcurso de la guerra, al menos desde 1487, apoyándola con ánimo y constancia en las labores logísticas y de propaganda.^[79] Se encontró presente, de hecho, en muchos de los acontecimientos simbólicos más importantes de la guerra, y, con toda lógica, fue él quien alzó la cruz en la torre de la Vela de la Alhambra el dos de enero de 1492.^[80] Poco antes, había presenciado y aprobado la elaboración de las Capitulaciones de Granada, documento que consta de su propia firma.